Te direktorijume kreira check disk, tj. u njih trpa sve "lost file fragment"-e, koji se mogu pojaviti interaptovanjem nekih operacija zapisa (kao sto su kill-ovanje procesa, reset masine,...)
Verovatno ti je file sistem fat32... Konvertuj ga obavezno u NTFS i doticni direktorijumi ti se vise nece javljati...