Taj postupak sam x puta uradio i uvek je funkcionisao.
Ako ti je javio da ti je geometrija diska srokana, moguce da ti se u biosu promenila opcije kako se hdd vidi - da li je kao LBA, CHS ili Large, sto je i moglo da prouzrokuje ceo rshum sa oporavkom windowsa.
Kada menjas particije na disku na kojem lezi linux, menja se njihova enumeracija - sasvim svejedno sto si dirao windows particije, a linuxove nisi ni pipnuo. Tada ti u config fajlovima stoji da je boot particija recimo /dev/hda7, a root je /dev/hda8, a u tekucem stanju su na sasvim desetim particijama, jer si ih menjao. Tada prilikom dizanja linuxa mozes boot manageru da das dodatne parametre i opcije - pogledaj u terminalu "man bootparam". Mozes da mu kazes gde je root, da li da koristi LBA ili linear ekstenzije za velike diskove, n razlicitih stvari.
Cak i ako to ne upali, uvek mozes da podignes linux sa CD-a; u nekim distroima (recimo Fedora2) ima posebni recovery CD (iso od nekih 30MB), dok u ostalima prvi instalacioni CD sluzi kao recovery CD (ponudi u onom meniju instalaciju, tekstualnu instalaciju, recovery, itd). Tada se sistem podigne u linux recovery konzoli, mountuje se particija sa hdd-a i edituju se config fajlovi (grub, lilo, fstab, itd).
Ponavljam dakle, postupak je sigurno funkcionalan (osim sto sam permutovao ovo za boot.ini jer sam kucao iz glave), ali ocigledno problem kod tebe nije bio u tome da je samo boot manager zauzeo MBR (jer obicno svi boot manageri dodaju i windows), nego jos nesto u vezi diska i particija. Ako tebi win nije mogao da se podigne i nakon fixmbr i fixboot, bilo je tu jos nesto masno.