Zove se unit jer to nije servis. Servis je program koji se vrti u pozadini i radi nešto. Unit fajl je konfiguracioni fajl koji opisuje taj servis. Tačnije, opisuje kako se servis podiže, kako se spušta, kako reload-uje konfiguraciju, gde drži PID fajl itd.
Gomila paketa u stvari nisu programi/aplikacije već biblioteke ili neki drugi deljeni resursi koje nema smisla smestiti u odvojene direktorijume, mada ima i toga. Neke aplikacije se npr. u celosti smeste u "/usr/lib/<aplikacija>", "/usr/local/<aplikacija>" ili "/opt/<aplikacija>". S druge strane, time što ti predlažeš se ne dobija ništa.
Dužina fajlova možda ima samo marginalan uticaj na brzinu listanja i prikaz sadržaja direktorijuma i to eventualno u GUI-ju jer rendering font glyph-ova, anti aliasing i eventualno drugi grafički efekti mogu da da budu zahtevni. Ono što je zahtevno kod listanja sadržaja direktorijuma je dohvatanje podataka o fajlovima (vlasništvo, permisije, veličina, datum kreiranja/modifikovanja/pristupa, ACL-ovi ako postoje, atributi itd.) i sortiranje liste fajlova kada se konačno sakupe podaci o svim fajlovima. Imena fajlova tu igraju veoma malu ulogu. Listanje sadržaja direktorijuma sa samo imenom fajlova i bez sortiranja je relativno brzo. Razbijanje direktorijuma na manje direktorijume, kako predlažeš, ne donosi ništa osim haosa jer putanje do fajlova više nisu predvidive i moraš da obavljaš pretragu da bi pronašao fajlove koji ti trebaju a da ne pominjem hard code-ovane putanje koje će malo-malo pa postati ne validne. Generalno gledano, smeštanje velikog broja fajlova u direktorijum ne utiče na performanse samog sistema jer malo koji program lista sadržaj takvih direktorijuma u potrazi za bilo čime. Većina programa zna tačne putanje do svih resursa koji su im potrebni.
Postoji razlog zašto postoje 3 ili 4 lokacije a ne 2 kako ti predlažeš. Svaka ima svoju namenu. Nisu bez razloga izmišljene.