Na kraju prvog dela, ostao je otvoren portal kroz koji su vanzemaljci dosli na zemlju i kombinovali svoje gene sa ljudskim. Tako rade sa svim svetovima koje osvoje, zato se i zovu Combine. Uz to vode i psiholoski rat tako sto izaberu jednog predstavnika pokorene rase koji u zamenu za moc i polozaj saradjuje sa njima i pomaze im da okupirana rasa pruzi manji otpor. Pred kraj igre, kada se Gordon vozi kroz vanzemaljsku "tvrdjavu" mozes da vidis sta planiraju sa ljudima, cilj je da ih pretvore u robove, a od onih fizicki najsposobnijih prave geneticki kombinovanu vojsku sa kojom se boris tokom citave igre. Na kraju prvog dela Freeman postaje agent intergalakticke tajne sluzbe (da ih nazovemo tako u nedostatku adekvatnijeg objasnjenja) koja ima tehnologiju za usporavanje vremena, pa je Freeman izmedju prvog i drugog dela bio u vremenskoj hibernaciji, sto mozes da zakljucis po komentarima likova koje srece, kako se "uopste nije promenio". Na kraju drugog dela takodje je "zamrznut" u vremenu, do nekog sledeceg zadatka.
