Možeš da probaš sa Avidemux programom. Ubaciš taj mkv koji si napravio, opcije Video i Audio sa leve strane podesiš na copy, format mkv, potom ideš na toolbar-video-framerate i promeniš FPS od videa na 25, nakon toga file-save-save video i to je (bi trebalo da bude) to. Lično nisam radio nešto...